Puede haber varias causas de este síndrome. La base fisiológica, es una alteración en la acción de los músculos del intestino grueso, que, o trabajan mucho o no trabajan, alternadose así, los periodos de estreñimiento o diarrea.
Esta alteración intestinal puede ser el resultado de lo que comúnmente llamamos Stress, laboral, familiar o personal. La causa mas común son trastornos emocionales, por ejemplo, miedo, tristeza, rabia, cólera acumulada: personas muy ansiosas por cumplir con sus deberes y obligaciones.
También se ha detectado que las personas con SCI tienen tendencia a llevar dietas bajas en fibra o que presentan algún tipo de alergia o intolerancia al trigo, maíz, productos lácteos, frutas, té, café, o verduras.
El SCI también puede ser debido a un sobrecrecimiento de microorganismos como Candida albicans en el tracto digestivo, o al uso excesivo de laxantes, entre otros medicamentos.
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